Был с сыном в Питере в марте 5 дней, жили вот здесь:
http://group-ra.ru/gostinica_ekonom.html
4 этаж, весьма недорого, центр города (Кузнечный переулок), рядом музей Арктики и Антарктики, 10 минут пешком до Московского вокзала
правда санузлы на этаже, зато бесплатный межгород и wifi
Впрочем - это сеть гостиниц, у них есть в том же здании получше и подороже варианты, есть вообще на Невском, есть подальше.
Вообще недорогие варианты поближе к центру можно вот тут, например, посмотреть
http://www.otelrent.ru/hotels/128/
Что касается распределения времени, у нас это было примерно так:
1 день - заселение и прогулка по Невскому вплоть до стрелки Васильевского острова
у м.Гостинный двор закуппились экскурсиями по городу и окрестностям
2 день - Автобусная обзорная экскурсия по городу с посещением в конце неё Петропавловской крепости. По завершению - посетили музей артиллерии(если дети - мальчики, им будет весьма интересно) - он рядом с крепостью. Вечером заехали в гости к знакомым, любителям КМВ
3 день - самостоятельно посетили Эрмитаж - это на весь день, экскурсию туда не вижу смысла брать - вечно торопить будут, ели что, можно взять на прокат аудиогида или примкнуть к какой нибудь группе.
Вечером посетил Мариинский ("Пиковую даму" давали), билеты взял накануне прямо в экскурсионном автобусе, правда сильно дороже номинала(с другой стороны в кассе всё равно уже ничего не было) В качестве дирижёра продавец обещал Гергиева, но наврал.
4 день - Экскурсия в Петергоф, вечером - продолжили исследовать центральные районы города
5 день - С утра планировали добраться до Авроры (во время обзорной экскурсии там была лишь короткая остановка), но из-за взрывов в Москве до полудня проторчали в инете и перед телевизором. Посетили музей Арктики и Антарктики, после чего прокатились с экскурсией в Кронштадт. Успели ещё погулять по городу и после полуночи убыли домой.
Важный совет - вставайте и выбирайтесь из гостиницы пораньше
планировали добраться